Niccolò Copernico (1473-1543), elaborò una teoria alternativa al sistema tolemaico che vedeva la Terra girare intorno al Sole. Questo rovesciamento dell'esperienza comune, che vede il Sole sorgere e tramontare, fu considerata una vera e propria rivoluzione, molto difficile da accettare. Tuttavia i calcoli del moto dei corpi celesti, alla luce di questa teoria, risultavano notevolmente semplificati. Così, l'ipotesi venne presto accettata e utilizzata in certi ambienti scientifici, ma fu successivamente condannata dalla chiesa e dalla scienza ufficiale perché contraddiceva le sacre scritture. A quel tempo la scienza, basata prevalentemente sulle interpretazioni cristiane di Aristotele, era un tutt'uno con la teologia. Rivoluzionare le conclusioni della scienza e dei testi aristotelici veniva considerato un attacco alla religione. Quanto all'ipotesi eliocentrica, in un passo biblico era chiaramente scritto che Giosuè rallentò il tempo fermando il Sole ("fermati, o Sole..."). L'adesione alle teorie copernicane risultò presto pericolosa. Giordano Bruno, per esempio, che tra l'altro aveva aderito al copernicanesimo, finì sul rogo come eretico.
Galileo fu costretto ad abiurare e fu condannato a trascorrere i suoi ultimi anni nella villa di Arcetri. Altri scienziati e filosofi adottarono le teorie copernicane senza esporsi, celandole o professandole come pure ipotesi matematiche.