Il secondo periodo intermedio terminò con l'ascesa al trono del re tebano Amosis, della XVIII dinastia, che verso il 1570 a. C. ricacciò gli
Hyksos e ricostituì l'unità dell'Egitto, dando il via a una politica estera espansionistica continuata dai successori.
Thumotsis III spinse i confini del paese dalla Nubia sino alla Siria, mentre le popolazioni limitrofe, come gli
Hittiti, rendevano omaggio alla potenza egizia. Fu in questo periodo che lo stato faraonico raggiunse la sua massima organizzazione, affiancato dal potentissimo ordine sacerdotale del dio Ammone che acquistò sempre più importanza politica grazie alla stretta collaborazione con il sovrano. In breve, il potere di questa casta sacerdotale arrivò persino a minacciare la stessa autonomia del faraone. Per questi motivi
Amenofi IV (1377-1358 a. C.), della XVIII dinastia, tentò di avviare una radicale riforma religiosa per ridimensionare il culto del dio
Ammone e sostituirlo con una sorta di monoteismo incentrato su
Aton, il dio del disco solare, adorato e diffuso in tutto il regno. Dopo aver assunto il nome di Ekhnaton, in onore ad Aton, questo sovrano fece edificare la città di Akhetaton, conosciuta anche con il nome di
el Amarna, e ne fece la nuova capitale. La sua politica non ebbe però successo e, alla sua morte, il successore
Tutankhamon ristabilì il culto di Ammone e riportò a Tebe la capitale del paese. Sotto la XIX dinastia la potenza egizia si dovette scontrare con gli Hittiti, che Ramsete II affrontò nella celebre battaglia di Kadesh, in cui entrambi i contendenti subirono delle fortissime perdite e si proclamarono vincitori. Poco dopo anche altri "popoli del mare", cominciarono a minacciare i confini dell'Egitto. I Filistei invasero la zona del Delta e ormai, anche se Ramsete III riuscì a batterli nel 1165, ormai la potenza egizia si andava esaurendo. Oltre alle minacce esterne, aggravate dal fatto che il paese era privo del ferro che le altre popolazioni avevano cominciato ad utilizzare per la costruzione delle armi, anche il potere centrale si era indebolito e non era più in grado di amministrare l'Egitto. In questo quadro, il paese andò sempre più verso la disgregazione e, con il I millennio, ha inizio il Terzo periodo intermedio che sfocia in una lunga fase di decadenza che va dalla XXI alla XXXI dinastia. Al trono si succedono i sacerdoti della XXI dinastia (1090-950 a. C.), gli invasori Libi (XXII-XXIII dinastia, 950-720 a. C.), la dinastia di Sais (XXVI, 720-715 a. C.), i re etiopi della XXV dinastia (715-663 a. C.), e un nuova dinastia di Sais (XXVI, 663-525 a. C.). Con la XXVII dinastia l'Egitto diventa una satrapia persiana ad opera di Cambise. Nel 405 a. C. il paese si ribella alla dominazione e tre dinastie del delta (XXXVIII-XXX) cercano di assumere il dominio. Nel 332 a. C., Alessandro il Macedone invade e conquista il paese. Sotto il governo dei Tolomei incomincia il periodo ellenistico (XXXI dinastia). Nel 30 a. C. inizia la dominazione dei Romani.