Sono moltissime le specie di rettili che preferiscono l'acqua alla terraferma o che comunque trascorrono gran parte della loro vita in acque dolci o salate. I coccodrilli lo fanno soprattutto per evitare un eccessivo surriscaldamento che potrebbe portarli alla morte. Questi animali hanno sviluppato un dispositivo particolare che permette loro di sbranare le prede senza che l'acqua invada le loro vie respiratorie: valvole predisposte separano la bocca dalla trachea, in modo che questi rettili predatori riescano a godersi il pasto senza rischiare di annegare. Altri affini abitatori dei fiumi sono i varani del Nilo, i gaviali indiani e i caimani che frequentano i bacini fluviali amazzonici.Alcune specie di tartarughe trascorrono la loro vita nel mare e si avventurano sulle spiagge solo per la deposizione delle uova. Spesso questi animali, le cui zampe si sono trasformate in vere e proprie pinne raggiungono ragguardevoli dimensioni. La tartaruga alligatore vive sui fondali fangosi dei fiumi, catturando pesci tramite una specie di appendice della lingua che funge da esca.
Anche tra i serpenti molte specie abitano i fiumi, le paludi o il mare cibandosi di alghe o pesci. L'anaconda, nota specie di ofide costrittore, pur essendo adatta alla vita sulla terraferma, vive di preferenza nei fiumi dove caccia le sue prede.
Un importante rappresentante acquatico dei sauri è infine l'iguana marino che vive sulle scogliere delle Galapagos, cibandosi di alghe.