I rettili si riproducono per fecondazione interna e la maggior parte di essi è ovipara: le uova vengono deposte già fecondate, protette dal guscio e provviste di sostanze nutritizie e di acqua per lo sviluppo dell'embrione. Il numero di uova deposte dipende dalle specie, le
testuggini marine, per esempio, ne abbandonano nella sabbia circa 400 in un anno, anche se soltanto pochi dei nascituri riusciranno a sopravvivere e a svilupparsi scampando ai predatori. Altri rettili, come Coccodrilli, sauri e serpenti depongono meno uova ma dedicano loro maggiori cure. La femmina di coccodrillo, per esempio, custodisce i propri piccoli per qualche tempo nella propria bocca al riparo da ogni pericolo. In generale i piccoli rettili appena nati sono già completamente autosufficienti, anche se indifesi. Il periodo di incubazione delle uova varia a seconda della specie, si va dai due o tre mesi per alcune specie di tartarughe, fino a più di dodici mesi per il tuatara.
Alcune specie di sauri e ofidi, come la vipera, sono ovovivipari: le uova, che si sviluppano comunque in maniera autonoma e indipendente dalla madre, sono trattenute nel corpo materno fino alla schiusura e i piccoli sono partoriti vivi.
La riproduzione è naturalmente preceduta da un periodo di corteggiamento, durante il quale i maschi assumono caratteri e comportamenti piuttosto vistosi, con il duplice scopo di conquistare la femmina e di intimorire i rivali.